Welcome to the UPF Digital Repository

Gene expression variation and constraint across organs and species

Show simple item record

dc.contributor.author Breschi, Alessandra, 1988-
dc.contributor.other Guigó Serra, Roderic
dc.contributor.other Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
dc.date.accessioned 2018-05-17T01:20:17Z
dc.date.available 2018-05-17T01:20:17Z
dc.date.issued 2016-11-28
dc.identifier http://hdl.handle.net/10803/523546
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10230/34655
dc.description.abstract Mice are the premier model organisms to study human biology and disease, but there is still debate about the extent to which molecular mechanisms are conserved between human and mouse. With the advance of next-generation sequencing technologies, comparative transcriptomics can be carried out at unprecedented resolution. In this thesis we confirm findings that human and mouse transcriptomes are globally conserved and we identify and characterize the properties of a core set of genes with constrained expression between the two species. Additionally, we show that clustering of gene expression across humans, mice and other vertebrates across multiple tissues depends on which genes and samples are included. Finally, we analyze gene expression of primary cells in human to understand how functional units of organs contribute to the expression of an organ as a whole. Indeed, profiling entire organs constitutes one of the main limitations of current comparative studies.
dc.description.abstract Los ratones son los principales organismos modelos para estudiar la biología y las enfermedades humanas, pero aún está en debate el nivel de conservación molecular entre humanos y ratones. Con el progreso de las tecnologías de secuenciación masiva, la transcriptómica comparativa ha llegado a una resolución sin precedentes. En esta tesis confirmamos que los transcriptomas de humano y ratón están globalmente conservados y identificamos y caracterizamos las propiedades de un conjunto de genes con expresión parecida entre las dos especies. Además, demostramos que diferentes tejidos de humanos, ratones y otros vertebrados se agrupan en base a su expresión génica segón los genes y las muestras incluidas en el análisis. Finalmente, analizamos la expresión génica de líneas celulares primarias humanas para investigar cómo las unidades funcionales de los órganos afectan la expresión de todo un órgano entero. De hecho, los estudios comparativos actuales tienen como limitación que se basan en datos de órganos enteros.
dc.format application/pdf
dc.format 112 p.
dc.language.iso eng
dc.publisher Universitat Pompeu Fabra
dc.rights ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
dc.rights info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.source TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
dc.title Gene expression variation and constraint across organs and species
dc.type info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
dc.type info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.modified 2018-05-07T16:22:26Z
dc.subject.keyword Transcription
dc.subject.keyword RNA-seq
dc.subject.keyword Gene expression
dc.subject.keyword Mouse
dc.subject.keyword Human primary cells
dc.subject.keyword Expressión génica
dc.subject.keyword Transcriptómica comparativa
dc.subject.keyword Ratón
dc.subject.keyword Clustering
dc.subject.keyword Lineas celulares
dc.subject.keyword 575


Files in this item

Files Size Format View

There are no files associated with this item.

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record

Search DSpace


Advanced Search

Browse

My Account

Statistics

Compliant to Partaking