The explosion of reductionist approaches at the end of the XXth
century allowed for fast and high-throughput data collection in
pharmaceutical industry, but did not deliver the expected gain in
drug discovery performance. Omics methodologies were able to
provide large amounts of information on one-to-one cause-effect
relationships, but could not explain some of the complex effects in
living organisms and biological systems in general. This Thesis,
performed in the premises of an emerging biotech ...
The explosion of reductionist approaches at the end of the XXth
century allowed for fast and high-throughput data collection in
pharmaceutical industry, but did not deliver the expected gain in
drug discovery performance. Omics methodologies were able to
provide large amounts of information on one-to-one cause-effect
relationships, but could not explain some of the complex effects in
living organisms and biological systems in general. This Thesis,
performed in the premises of an emerging biotech company,
represents an attempt to explore the impact of an integrative
systems approach to drug discovery. On the one hand, in silico
prediction of drug-target interactions developed at Chemotargets
was applied to the identifcation of cancer-relevant targets, the
design of a biologically diverse chemical library, and the
implementation of a novel methodology for predictive drug safety.
On the other hand, major efforts were devoted to develop and
carefully validate a new approach to anticipating in vivo organ
toxicities from in vitro pharmacological profles and gene expression
datas. This novel methodology was designed to complement and
assist the expert toxicologist by providing insights at the anatomical
level . Last but no least, key contributions have been made to develop
a brand new platform-independent version of the company’s flagship
software, CT-link, allowing for easy distribution and
commercialization
+
A les darreries del segle XX, l'auge de les aproximacions
reduccionistes van permetre a la industria farmacèutica la
recopilació de gran quantitat de informació, pero l’impacte en el
rendiment de la producció de nous fàrmacs no va ser l’esperat.
Encara que es van extreure moltes dades sobre les relacions un-a-un
entre entitats sistèmiques els efectes complexos causats als
sistemes biològics no es van poder adreçar adequadament. Aquesta
tesi, desenvolupada en el marc d’una empresa biotecnolòica
emergent, ...
A les darreries del segle XX, l'auge de les aproximacions
reduccionistes van permetre a la industria farmacèutica la
recopilació de gran quantitat de informació, pero l’impacte en el
rendiment de la producció de nous fàrmacs no va ser l’esperat.
Encara que es van extreure moltes dades sobre les relacions un-a-un
entre entitats sistèmiques els efectes complexos causats als
sistemes biològics no es van poder adreçar adequadament. Aquesta
tesi, desenvolupada en el marc d’una empresa biotecnolòica
emergent, intenta introduir un marc de referència integral per
l’aproximació sistèmica al disseny de fàrmacs. D'una banda, s’ha
aplicat la predicció in silico de xarxes fàrmac-diana per identifcar
les proteïnes relacionades amb càncer, per la construcció d’una
biblioteca química d’amplia cobertura biològica i per anticipar la
toxicitat relacionada amb dianes secundàries. D'altra banda, es va
ampliar l’aproximació de biologia de sistemes per abastar les
connexions anatòmiques. Aquesta nova metodologia fou dissenyada
per complementar i assistir al toxicòleg expert en la identificació de
toxicitats a nivell anatòmic. Finalment, durant aquests anys s’ha
contribuit de manera important al desenvolupament d’una nova
versió independent de la plataforma del programari estrella de
l’empresa, CT-link, que n’ha facilitat enormement la seva distribució i
comercialització.
+
Programa de doctorat en Biomedicina