Nucleosome dynamics and analysis in breast cancer cells

Pohl, Andy

Inici
→
Recerca: tesis
→
TDX
→
Visualitza element

dc.contributor.author	Pohl, Andy
dc.contributor.other	Beato, Miguel
dc.contributor.other	Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
dc.date.accessioned	2024-03-16T02:34:07Z
dc.date.available	2024-03-16T02:34:07Z
dc.date.issued	2015-12-21T07:32:04Z
dc.date.issued	2015-12-21T07:32:04Z
dc.date.issued	2014-10-03
dc.identifier	http://hdl.handle.net/10803/328416
dc.identifier	B 29983-2015
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/10230/25496
dc.description.abstract	Genome-wide analysis of the nucleosome positioning and histone H1 isoform content of the T47D breast cancer cell line has found a number of observations, namely that with a gentle digestion of microccocal nuclease (MNase), a nucleosome is visible just upstream of the transcription start site, in the region known as the “nucleosome-free region” (NFR). H1 isoforms bind to chromatin mainly in a redundant manner, but H1.2 and H1.3 show some specificity while H1.5 increases its binding dramatically after a progesterone stimulus. In the course of these studies, a general-purpose software package was developed for the manipulation and analysis of bigWig files, a data format for storing continuous signal data assigned to genome coordinates
dc.description.abstract	En el meu estudi genòmic sobre el posicionament de nucleosomes i sobre elcontingut de les isoformes de la histona H1 en cèl•lules de càncer de mama T47D he dut a terme una sèrie d'observacions. Específicament he trobat que amb una digestió suau amb nucleasa micrococcal, es pot identificar un nucleosoma just abans del lloc d'inici de transcripció, en la regió coneguda com a "regió lliure de nucleosomes". També he vist que les diferents isoformes somàtiques de la histona H1 (H1.0-H1.5, H1x) s'uneixen a la cromatina de manera redundant, però que la H1.2 i la H1.3 presenten certa especificitat, mentre que la H1.5 mostra un augment de la unió generalitzat després d'estimular les cèl•lules amb progesterona. En el decurs de la meva recerca, he desenvolupat un programari general per la manipulació i l'anàlisi d'arxius amb format bigWig, un format per a l'emmagetzematge de dades de senyals continus al llarg de les coordenades del genoma.
dc.description.abstract	Programa de doctorat en Biomedicina
dc.format	154 p.
dc.format	application/pdf
dc.format	application/pdf
dc.language.iso	eng
dc.publisher	Universitat Pompeu Fabra
dc.rights	L'accés als continguts d'aquesta tesi queda condicionat a l'acceptació de les condicions d'ús establertes per la següent llicència Creative Commons: http://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/es/
dc.rights	http://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/es/
dc.rights	info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.source	TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
dc.title	Nucleosome dynamics and analysis in breast cancer cells
dc.type	info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
dc.type	info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.modified	2024-03-15T10:57:32Z
dc.subject.keyword	Epigenètica
dc.subject.keyword	Histona
dc.subject.keyword	Nucleosoma
dc.subject.keyword	Programari
dc.subject.keyword	Genoma
dc.subject.keyword	ADN
dc.subject.keyword	Càncer de pit
dc.subject.keyword	Progesterona
dc.subject.keyword	Bioinformàtica
dc.subject.keyword	Genòmica
dc.subject.keyword	Hormona
dc.subject.keyword	Regulació genètica
dc.subject.keyword	Transcripcio
dc.subject.keyword	Genomics
dc.subject.keyword	Histone
dc.subject.keyword	Epigenetics
dc.subject.keyword	DNA
dc.subject.keyword	Breast cancer
dc.subject.keyword	Progesterone
dc.subject.keyword	575