Benvinguts al Repositori Digital de la UPF

Peptime-mediated interactions in high-resolution 3-dimensional structures

Mostra el registre parcial de l'element

dc.contributor.author Stein, Amelie
dc.contributor.other Oliva Miguel, Baldomero
dc.contributor.other Aloy, Patrick, 1972-
dc.contributor.other Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
dc.date.accessioned 2017-09-24T01:55:23Z
dc.date.available 2017-09-24T01:55:23Z
dc.date.issued 2010-06-11
dc.identifier B.5522-2011
dc.identifier 978-84-694-1266-4
dc.identifier http://www.tdx.cat/TDX-0125111-120840
dc.identifier http://hdl.handle.net/10803/7218
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10230/12211
dc.description.abstract Proteins and protein interactions are involved in virtually all processes of life. Here we study interactions between globular domains and short linear motifs, which form a small interface ideal for transient interactions. Despite the small number of contacts involved, these domain-motif interactions (DMIs) are known to be highly specific in vivo. We have identified hundreds of instances of DMIs in high-resolution 3-dimensional (3D) structures to analyze the molecular basis of their high specificity. Furthermore, we have derived structural parameters to identify DMIs in 3D structures in a more general, motif-independent way. An important class of DMIs are kinase-substrate interactions. By combining the phosphorylation motif with different kinds of contextual information, we could predict substrates of the human kinase Aurora A. Lastly, we have incorporated DMIs into our database of 3D interacting domains (3did) to disseminate our results to the scientific community for future research. <br/><br/>Los procesos moleculares subyacentes a la mayoría de funciones biológicas implican la participación directa de una infinidad de proteínas y múltiples interacciones entre ellas. En esta tesis estudiamos un tipo particular de estas interacciones, de carácter transitorio y altamente específicas, dónde un dominio globular en una proteína reconoce un corto péptido lineal en otra (DMIs). En concreto, identificamos múltiples casos de DMIs en estructuras tridimensionales (3D) de alta resolución y analizamos las bases moleculares de su especificidad. Además, derivamos parámetros estructurales globales que nos permiten identificar nuevos casos de DMIs. Así mismo, y como caso práctico, combinamos el motivo de fosforilación propio de la quinasa humana Aurora A con diversas clases de información contextual para predecir y validar 90 nuevos substratos. Por último, incorporamos las caracterizadas DMIs en nuestra base de datos de interacciones en 3D (3did) con el fin de diseminar nuestros resultados entre la comunidad científica.
dc.format application/pdf
dc.language.iso eng
dc.publisher Universitat Pompeu Fabra
dc.rights ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
dc.rights info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.source TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
dc.title Peptime-mediated interactions in high-resolution 3-dimensional structures
dc.type info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
dc.type info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.date.modified 2017-09-22T14:06:39Z
dc.subject.keyword predicció de substracte
dc.subject.keyword xarxa de fosforilació
dc.subject.keyword especificitat
dc.subject.keyword especificitat contextual
dc.subject.keyword Aurora A
dc.subject.keyword Aurora cinasa
dc.subject.keyword interaccions domini-motiu
dc.subject.keyword motius lineals
dc.subject.keyword motius lineals curts
dc.subject.keyword reconeixement de dominis
dc.subject.keyword estrucutres 3Ds
dc.subject.keyword interaccions mediades per pèptids
dc.subject.keyword interaccions entre proteïnes
dc.subject.keyword phosphorylation network
dc.subject.keyword substrate prediction
dc.subject.keyword Aurora kinase
dc.subject.keyword Aurora A
dc.subject.keyword specificity
dc.subject.keyword contextual specificity
dc.subject.keyword short linear motifs
dc.subject.keyword recognition domains
dc.subject.keyword 3D structures
dc.subject.keyword linear motifs
dc.subject.keyword domain-motif interactions
dc.subject.keyword peptide-mediated interactions
dc.subject.keyword protein interactions
dc.subject.keyword 57


Consulteu el document

Fitxers Grandària Format Visualització

No hi ha fitxers associats a aquest element.

Aquest element apareix en la col·lecció o col·leccions següent(s)

Mostra el registre parcial de l'element