Repositori Digital de la UPF
Guies
Enviaments recents
La malaltia pulmonar obstructiva crònica (MPOC) és una síndrome prevalent i infradiagnosticada. És una de les principals causes de morbimortalitat, i el seu maneig clínic està limitat per elements subjectius. Aquesta tesi té com a objectiu identificar signatures de biomarcadors sanguinis, principalment mitjançant proteòmica i metabolòmica, que puguin optimitzar la detecció i la fenotipificació de la MPOC, proporcionar una caracterització objectiva dels episodis d'exacerbació i predir el risc de mortalitat. Es van realitzar estudis observacionals multicèntrics, integrant dades clíniques i òmiques de mostres sanguínies de les cohorts BIOMEPOC i BIOEARLY-COPD. Els principals resultats identificaren perfils sanguinis capaços de discriminar (1) la MPOC dels controls, (2) signatures sistèmiques d'exacerbacions i (3) caracteritzar els fenotips d'exacerbació (GOLD E) i els fenotips d'exacerbació freqüents en la fase estable; (4) desenvolupar panells proteòmics i metabolòmics que prediguin la mortalitat a mitjà i llarg termini; i (5) millorar la classificació del risc i l'estratificació dels pacients en comparació amb els enfocaments tradicionals. La integració de biomarcadors òmics sanguinis i mètodes d'aprenentatge automàtic ofereix eines potencials per a la medicina personalitzada en la MPOC.
(2025-11-26) Enríquez Rodríguez, César JesséEn su camino hacia convertirse en una especie global, el Homo sapiens se encontró con una miríada de ambientes. La selección natural actuó en las poblaciones humanas, permitiendo su adaptación a las distintas presiones selectivas de estos ambientes mientras dejaba huellas características en el patrón de variación de sus genomas. Mediante la genética de poblaciones podemos reconstruir la historia evolutiva de estas poblaciones y enlazar estas regiones con patrones de variación no neutrales con fenotipos adaptativos específicos. En este trabajo, hemos usado 700 genomas secuenciados en el contexto del proyecto Genomes for life Catalonia | GCAT para buscar señales de selección positiva en la población española y vincularlas a los distintos procesos demográficos que han moldeado la península ibérica. También hemos estudiado el contexto evolutivo de una variación nucleotídica no sinónima, rs1047626, en el gen SLC30A9 que codifica para un transportador de zinc que es común a todas las poblaciones no Africanas. Hemos descrito la gran semejanza del haplotipo humano adaptativo en el cual se presenta esta variante, con el haplotipo presente en el genoma Denisovano. Diversas metodologías coinciden en señalar el origen de esta variación en el genoma Denisovano. Mediante simulaciones hemos podido determinar que la variante probablemente llegó a múltiples poblaciones humanas en todo el mundo, primero introgresandose en los Neandertales, y posteriormente en los humanos modernos mediante introgresión Neandertal.
(2025-12-04) García Calleja, JorgeLa malaltia d'Alzheimer (MA) i la demència són problemes cabdals de salut pública, que condueixen a la discapacitat i a la dependència en la vellesa. Fins s un 45 % dels casos de MA es podrien prevenir si s'abordessin factors de risc modificables com la diabetis tipus 2 i les malalties cardiovasculars. Tot i que els tractaments que modifiquen el curs de la malaltia han demostrat eficàcia en etapes preclíniques de la MA, la prevenció primària continua essent essencial per contenir l’augment previst del nombre de persones afectades. Malgrat l’evidència creixent que dóna suport a la rendibilitat, viabilitat i acceptació de les intervencions multicomponent basades en l’estil de vida per prevenir la demència, encara hi ha diverses àrees clau amb marge per a un desenvolupament més ampli. Sobretot, cal millorar la identificació de les persones en risc que podrien beneficiar més d’una intervenció estructurada i basada en l’estil de vida, així com assegurar que els participants mantinguin l’adherència a llarg termini a través d’estratègies de participació activa. Si no es treballa en millorar aquests punts, fins i tot les intervencions més prometedores tindran dificultats per generar un impacte significatiu i sostenible en el temps. Aquesta tesi aborda aquests reptes mitjançant: (i) la investigació de marcadors relacionats amb la glucosa (com ara la prova de tolerància oral a la glucosa, OGTT) com a predictors precoços de deteriorament cognitiu; (ii) la identificació i estratificació d’individus segons el seu perfil de risc; (iii) la personalització d’una intervenció basada en l’estil de vida d’acord amb aquest perfil; i (iv) l’exploració d’estratègies de participació activa per mantenir l’adherència a llarg termini. Els resultats mostren que els marcadors de la prova de tolerància oral a la glucosa (OGTT) podrien ser més sensibles que els biomarcadors glucometabòlics ja establerts per detectar alteracions subtils que precedeixen els canvis cognitius i cerebrals a llarg termini, oferint una finestra d’oportunitat clau per a la intervenció precoç. Els resultats també han demostrat que orientar intervencions cap a persones d’alt risc (com els portadors de l’APOE-ε4 que experimenten deteriorament cognitiu subjectiu) pot ser beneficiós. L’estudi PENSA ha demostrat que una intervenció multicomponent estructurada basada en l’estil de vida, combinada amb un nutricèutic procognitiu (EGCG), pot millorar els resultats cognitius en adults grans amb risc. A més, s’ha observat que les estratègies de participació activa poden afavorir l’adherència, incrementant així l’eficàcia de la intervenció. En conjunt, aquest treball se suma a l’evidència, cada vegada més sòlida, que la prevenció personalitzada i basada en factors de risc és clau per fer front a l’augment previst dels casos de demència.
(2025-12-03) Lorenzo Diez, ThaisEl crecimiento explosivo de los datos biológicos exige soluciones computacionales que sean escalables, reproducibles y robustas. Los sistemas de gestión de flujos de trabajo (workflows), especialmente cuando se combinan con la contenedorización, abordan estos desafíos al automatizar, paralelizar y estandarizar análisis bioinformáticos complejos. En esta tesis exploro las aplicaciones de dichos sistemas en la ómica comparativa, con un enfoque en el desarrollo e implementación de canalizaciones (pipelines) reutilizables dentro de la comunidad nf-core. A través del estudio piloto TANGO1, que investigó la región transmembrana de la proteína TANGO1, se identificaron y abordaron varias necesidades computacionales críticas mediante soluciones personalizadas de flujos de trabajo. Estas incluyen REPORTHO y MULTIPLESEQUENCEALIGN para la recuperación y alineamiento de ortólogos, PARALOGS para el análisis filogenético de familias génicas, y STIMULUS para la selección de modelos en aprendizaje automático. En conjunto, estos proyectos ilustran cómo los gestores de flujos de trabajo potencian la investigación biológica al mejorar la reproducibilidad, la eficiencia y la integración de datos en diversas aplicaciones ómicas.
(2025-12-03) Vignoli, AlessioLes dades genètiques humanes d'Àfrica, especialment del nord, són escasses, malgrat que el continent és el bressol de la humanitat i alberga una diversitat genètica excepcional. Aquesta tesi, presenta noves dades genòmiques de poblacions autòctones infrarepresentades d’Algèria i Sudan, pertanyents a diferents grups etnolingüístics. Situats en una regió clau per a les migracions humanes, aquest estudi té com a objectiu investigar la seva diversitat genètica, els patrons de barreja i la història evolutiva. Els resultats revelen múltiples esdeveniments demogràfics i diferenciació genètica a escala microgeogràfica, així com selecció adaptativa a la malària després d’una barreja i més d'un milió de variants noves, ampliant significativament el catàleg de variació genètica humana. Aquesta tesi doctoral subratlla la importància d'incorporar conjunts de dades genèticament diversos per aprofundir en el coneixement de l'evolució i la història humanes, i posa en relleu la necessitat urgent d'omplir buits persistents en la investigació genòmica global.
(2025-12-05) Vilà Valls, Laura