Mostra el registre parcial de l'element
dc.contributor.author | García-García, Javier |
dc.contributor.other | Oliva Miguel, Baldomero |
dc.contributor.other | Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut |
dc.date.accessioned | 2024-03-16T02:33:21Z |
dc.date.available | 2024-03-16T02:33:21Z |
dc.date.issued | 2015-03-10T16:14:13Z |
dc.date.issued | 2015-03-10T16:14:13Z |
dc.date.issued | 2015-01-23 |
dc.identifier | http://hdl.handle.net/10803/286512 |
dc.identifier | B 7469-2015 |
dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/10230/23177 |
dc.description.abstract | The use of protein-protein interaction networks has become crucial due to the emergence of systems biology. The completeness and quality of networks, crucial to understand the biochemical mechanisms underlying a system such as a cell, are still challenging the scientific community. This thesis focuses on the data completeness challenge by the development of flexible tools for biological data management. It presents a database framework, BIANA, in which the integrated access to several information sources tackles this problem by unraveling hidden biological associations. BIANA is used to develop protein-protein interaction inference tools based on sequence similarity and protein-protein interactions. I have applied the approach on Salmonella-host infection, a case study where experimental data is scarce. Finally, I have focused on the integration problem of protein sequence annotation, also addressing the prediction of protein-protein interaction interfaces. I have developed a new evaluation measure to compare the predictive power of interface inference approaches. |
dc.description.abstract | Les xarxes d'interacció proteïna-proteïna han esdevingut crucials des del naixement de la biologia de sistemes. La integritat i qualitat de les xarxes, que són essencials per entendre els mecanismes subjacents a un sistema com la cèl•lula, segueixen desafiant a la comunitat científica. Aquesta tesi se centra en el repte de la integritat de les dades mitjançant el desenvolupament d'eines flexibles per a la gestió de dades biològiques. Presento BIANA, un paquet informàtic que enfoca aquest problema facilitant l'accés integrat a diverses fonts d'informació. BIANA ha servit per desenvolupar eines de predicció d'interaccions proteïna-proteïna combinant les xarxes amb similitud entre seqüències. He aplicat aquest mètode sobre la infecció per Salmonella-hoste, un cas en el qual les dades experimentals són escasses. Finalment, m'he centrat en la integració associada a l'anotació de seqüències, abordant la predicció d'interfícies d'interacció proteïna-proteïna. Una nova mesura d'avaluació m'ha permès comparar el poder predictiu de diferents mètodes. |
dc.description.abstract | Programa de doctorat en Biomedicina |
dc.format | 222 p. |
dc.format | application/pdf |
dc.format | application/pdf |
dc.language.iso | eng |
dc.publisher | Universitat Pompeu Fabra |
dc.rights | ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs. |
dc.rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
dc.source | TDX (Tesis Doctorals en Xarxa) |
dc.title | Protein-protein interaction network : management of databases and its applications on the computational study of protein-protein interactions |
dc.type | info:eu-repo/semantics/doctoralThesis |
dc.type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
dc.date.modified | 2024-03-15T10:57:21Z |
dc.subject.keyword | Protein |
dc.subject.keyword | Interactions |
dc.subject.keyword | Database |
dc.subject.keyword | Integration |
dc.subject.keyword | Interactome |
dc.subject.keyword | Binding interface |
dc.subject.keyword | Proteïna |
dc.subject.keyword | Base de dades |
dc.subject.keyword | Integració |
dc.subject.keyword | Interactoma |
dc.subject.keyword | Prediccions |
dc.subject.keyword | Lloc d'unió |
dc.subject.keyword | 577 |
Fitxers | Grandària | Format | Visualització |
---|---|---|---|
No hi ha fitxers associats a aquest element. |