Modelling splicing

Welcome to the UPF Digital Repository

Tilgner, Hagen, 1980-. Modelling splicing. 2011
http://hdl.handle.net/10230/17074
dc.contributor.author Tilgner, Hagen, 1980-
dc.contributor.other Guigó Serra, Roderic
dc.contributor.other Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
dc.date.accessioned 2013-07-12T01:49:57Z
dc.date.available 2013-07-12T01:49:57Z
dc.date.issued 2011-06-02
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10230/17074
dc.description.abstract L’Splicing de les molècules d’ARN és el procés pel qual les seqüències interposades(“introns”) s’eliminen, i les seqüències restants es concatenenper a formar l’ARN madur. La investigació recent mostra que gairebé totsels gens amb splicing es veuen afectats per splicing alternatiu. Aquí, enprimer lloc definim la longitud mínima d’un oligomer d’ARN per a funcionarcom a lloc d’unió d’un factor d’splicing. A continuació, explorem lacapacitat d’aquests oligomers per a predir estructures completes exó-intró.Destaquem els oligomers que són més informatius per a això, i demostremque la mateixa precisió com en enfocaments anteriors es pot aconseguir ambmenys oligomers. L’observació de que aquest enfocament és lluny de prediramb exactitud tota l’estructura exó-intró ens va portar a investigar els factorsque juguen un paper en l’splicing co-transcripcional. Demostrem que els nucleosomeses col.loquen preferentment en els exons i plantegem la hipòtesique juguen un paper en les decisions de l’splicing. A continuació, introduïmel “completed splicing index” i concluem que l’splicing co-transcripcionalés molt generalitzat. A més, l’splicing co-transcripcional mostra vinclesamb l’organització de la cromatina. A la llum d’aquests resultats, es vansupervisar els canvis de la cromatina en exons diferencialment inclosos endos teixits. Hem descobert una varietat de marques de les histones, peròno totes, mostrant un comportament significativament diferent en els exonsmés inclosos i més exclosos. Las marques més destacades que apareixensón H3K9ac i dos estats de metilació de lisina 4.
dc.description.abstract Splicing of RNA molecules is the process, by which intervening sequences (“introns”)in the primary transcript are excised, and the remaining sequences (“exons”)are concatenated to form the mature RNA. Recent evidence shows that almostall spliced genes are affected by alternative splicing. Here, we define theminimal length of RNA oligomers that can sensibly be called splicing factor bindingsites. Then, we explore the capacity of these oligomers to predict completeexon-intron structures. We highlight those oligomers that are most informative forthis and show, that equal accuracy as in previous approaches can be achieved withless RNA oligomers. The observation, that this approach falls short of accuratelypredicting the entire exon-intron structure, led us to investigate determinants linkedto co-transcriptional splicing. We show that nucleosomes are preferentially positionedon exons and hypothesize that they play a role in splicing decisions. Wethen introduce the “completed splicing index” and conclude that co-transcriptionalsplicing is very wide-spread in humans. Furthermore co-transcriptional splicingexhibits links to chromatin organization. In the light of these results, we go onto monitor chromatin changes on differentially included exons in pair-wise tissuecomparisons. We find a variety of histone marks, but not all, showing significantlydifferent behavior on up- and downregulated exons. The most prominently appearingmarks are H3K9ac and two lysine 4 methylation states.
dc.format.mimetype 210 p.
dc.format.mimetype application/pdf
dc.language.iso eng
dc.publisher Universitat Pompeu Fabra
dc.rights info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
dc.title Modelling splicing
dc.date.modified 2013-07-10T11:35:39Z
dc.subject.keyword splicing
dc.subject.keyword splicing simulation
dc.subject.keyword ESS
dc.subject.keyword ESE
dc.subject.keyword chromatin
dc.subject.keyword nucleosome
dc.subject.keyword bioinformatics
dc.subject.keyword co-­‐transcriptional splicing
dc.subject.keyword empalmament
dc.subject.keyword simulació de l´ empalmament
dc.subject.keyword cromatina
dc.subject.keyword nucleosoma
dc.subject.keyword bioinformàtica
dc.subject.keyword splicing co-­‐transcripcional
dc.subject.keyword 576

See full text
http://hdl.handle.net/10803/85056

Search


Advanced Search

Browse

My Account

Statistics