|
Abstract:
|
L’Splicing de les molècules d’ARN és el procés pel qual les seqüències interposades(“introns”) s’eliminen, i les seqüències restants es concatenenper a formar l’ARN madur. La investigació recent mostra que gairebé totsels gens amb splicing es veuen afectats per splicing alternatiu. Aquí, enprimer lloc definim la longitud mínima d’un oligomer d’ARN per a funcionarcom a lloc d’unió d’un factor d’splicing. A continuació, explorem lacapacitat d’aquests oligomers per a predir estructures completes exó-intró.Destaquem els oligomers que són més informatius per a això, i demostremque la mateixa precisió com en enfocaments anteriors es pot aconseguir ambmenys oligomers. L’observació de que aquest enfocament és lluny de prediramb exactitud tota l’estructura exó-intró ens va portar a investigar els factorsque juguen un paper en l’splicing co-transcripcional. Demostrem que els nucleosomeses col.loquen preferentment en els exons i plantegem la hipòtesique juguen un paper en les decisions de l’splicing. A continuació, introduïmel “completed splicing index” i concluem que l’splicing co-transcripcionalés molt generalitzat. A més, l’splicing co-transcripcional mostra vinclesamb l’organització de la cromatina. A la llum d’aquests resultats, es vansupervisar els canvis de la cromatina en exons diferencialment inclosos endos teixits. Hem descobert una varietat de marques de les histones, peròno totes, mostrant un comportament significativament diferent en els exonsmés inclosos i més exclosos. Las marques més destacades que apareixensón H3K9ac i dos estats de metilació de lisina 4.
Splicing of RNA molecules is the process, by which intervening sequences (“introns”)in the primary transcript are excised, and the remaining sequences (“exons”)are concatenated to form the mature RNA. Recent evidence shows that almostall spliced genes are affected by alternative splicing. Here, we define theminimal length of RNA oligomers that can sensibly be called splicing factor bindingsites. Then, we explore the capacity of these oligomers to predict completeexon-intron structures. We highlight those oligomers that are most informative forthis and show, that equal accuracy as in previous approaches can be achieved withless RNA oligomers. The observation, that this approach falls short of accuratelypredicting the entire exon-intron structure, led us to investigate determinants linkedto co-transcriptional splicing. We show that nucleosomes are preferentially positionedon exons and hypothesize that they play a role in splicing decisions. Wethen introduce the “completed splicing index” and conclude that co-transcriptionalsplicing is very wide-spread in humans. Furthermore co-transcriptional splicingexhibits links to chromatin organization. In the light of these results, we go onto monitor chromatin changes on differentially included exons in pair-wise tissuecomparisons. We find a variety of histone marks, but not all, showing significantlydifferent behavior on up- and downregulated exons. The most prominently appearingmarks are H3K9ac and two lysine 4 methylation states.
|
