Full characterization of the small RNA transcriptome using novel computational methods for high-throughput sequencing data: study of miRNA variability in eukaryote organisms.

Català | Castellano

Home
Recerca: tesis
TDX
View document

Pantano Rubiño, Lorena. Full characterization of the small RNA transcriptome using novel computational methods for high-throughput sequencing data: study of miRNA variability in eukaryote organisms.. 2011
http://hdl.handle.net/10230/16150

To cite or link this document: http://hdl.handle.net/10230/16150

Title:	Full characterization of the small RNA transcriptome using novel computational methods for high-throughput sequencing data: study of miRNA variability in eukaryote organisms.
Author:	Pantano Rubiño, Lorena
Advisor & department:	Martí, Eulàlia; Estivill, Xavier, 1955-; Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
Abstract:	In this thesis we have developed a user-friendly tool, SeqBuster, for theanalysis of small RNA (sRNA) data generated by next generation sequencingstrategies, with special emphasis on deep characterization of miRNA variants(isomiRs). We tested the tool using public datasets, revealing an unexpectedamount of isomiRs in the total miRNA profile in different species. In addition,we detected all known classes of non-miRNA sRNAs and new sRNAs with astill unassigned function. Furthermore, we studied the implication of miRNAsand isomiRs in human brain development and aging and in Huntingtondisease, concluding that miRNAs/isomiRs may contribute to central nervoussystem physiological and pathological conditions. Overall, our results haveuncovered a new layer of complexity in miRNAs, with probable consequencesin mRNA mediated gene expression regulation underlying different biologicalfunctions. Furthermore SeqBuster may be extremely useful to identify sRNAsequences with a putative regulation role in selective biological processes En esta tesis hemos desarrollado una herramienta, SeqBuster, para elanálisis de datos de RNA (sRNA) de pequeño tamaño generados por lasnuevas tecnologías de secuenciación, con especial énfasis en lacaracterización de variantes de los miRNAs. Aplicamos la herramienta adatos públicos de secuenciación, lo que reveló una inesperada abundanciade isomiRs en diferentes especies. Ademas, detectamos todas las clasesconocidas de otros sRNAs y de nuevos sRNAs con funciones desconocidas.También estudiamos la implicación de los miRNAs e isomiRs en el desarrolloy envejecimiento del cerebro humano, y en la enfermedad de Huntington.Nuestros resultados resaltan una posible importancia de la plasticidad desecuencia de los miRNAs, con probables consecuencias en la regulación dela expresión génica, subyacente a varias funciones biológicas. Por último,SeqBuster, podría ser extremadamente útil para identificar nuevos sRNAscon una posible función en determinados procesos biológicos.
Date:	2011
Rights:	info:eu-repo/semantics/openAccess ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.