Duplicacions segmentàries a la regió cromosòmica humana 8P23.1: evolució i expansió d'una nova família gènica

Welcome to the UPF Digital Repository

Bosch Pages, Nina. Duplicacions segmentàries a la regió cromosòmica humana 8P23.1: evolució i expansió d'una nova família gènica. 2008
http://hdl.handle.net/10230/12200
dc.contributor.author Bosch Pages, Nina
dc.contributor.other Armengol Dulcet, Lluís
dc.contributor.other Estivill, Xavier, 1955-
dc.contributor.other Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
dc.date.accessioned 2013-07-12T01:51:10Z
dc.date.available 2013-07-12T01:51:10Z
dc.date.issued 2008-12-19
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10230/12200
dc.description.abstract Les duplicacions segmentàries (DSs), o també anomenades duplicons o Low copy Repeats (LCRs), són regions de coma mínim 1 kb amb un alt nivell d'identitat (>90%), que estan presents almenys dues vegades en el genoma. La regió 8p23.1 consta de 6.5 Mb a la part distal del braç curt del cromosoma 8 i està flanquejada per duplicacions segmentàries. Degut a la seva arquitectura genòmica aquesta regió és susceptible a patir reordenaments mediats per recombinació homòloga no al·lèlica entre les DSs, com per exemple la inversió polimòrfica de 8p23.1 [inv(8)(p23)], present en un de cada quatre individus de la població general europea i japonesa, així com d'altres reorganitzacions menys corrents.El treball realitzat en aquesta tesi doctoral pretén aprofundir en la caracterització de la complexa arquitectura genòmica d'aquesta regió. En la nostra primera aproximació a l'estudi de les DSs que flanquegen la regió cromosòmica 8p23.1, es va identificar una nova família gènica específica de primats, la família gènica FAM90A.Així, bona part d'aquesta tesi doctoral està centrada en l'anàlisi de l'origen, formació, evolució i expansió de FAM90A en els homínids. Per altra banda també s'ha analitzant en detall la variabilitat de FAM90A com a variant en número de còpia (CNV) en diferents poblacions humanes.Finalment, s'ha establert la freqüència de la inversió que afecta a 8p23.1 en població espanyola. També s'ha procedit a genotipar diversos individus homozigots per la inversió i s'ha predit l' estatus de la inversió en 150 individus del projecte HapMap i s'ha analitzat l'efecte que té aquesta reorganització sobre els nivells d'expressió dels gens de la regió.
dc.description.abstract Segmental duplications (SDs), also known as duplicons or Low Copy Repeats (LCRs), are regions of a minimum of 1 kb with a high sequence identity level (>90%), which are present at least two times in the genome. The 8p23.1 region extends 6.5 Mb at the distal part of the short arm of chromosome 8 and it is flanked by segmental duplications. Due to its genomic architecture the region is prone to suffer rearrangements mediated by non-allelic homologous recombination between these SDs, such as the polymorphic inversion of 8p23.1 [inv(8)(p23)], which is present in one out of every four of European and Japanese general population individuals, as well as other less frequent rearrangements.The aim of the work presented in this doctoral thesis is to get insights in the characterization of the genomic architecture of this complex region. Our first approach to study the SDs flanking 8p23.1 region resulted in the identification of a novel gene family which is primate specific, the FAM90A gene family. Thus, this doctoral thesis is mainly focused on the analysis of the origins, formation, evolution and expansion of FAM90A in hominoids. It has also been analyzed in detail the variability of FAM90A as a copy number variant (CNV) in different human populations.Finally, it has been established the frequency of the inversion affecting 8p23.1 region in the Spanish population. Several homozygous inverted individuals have been genotyped and the status for the inversion has been predicted for 150 HapMap individuals, as well as the effect of this rearrangement on the gene expression levels of the genes contained in the region.
dc.format.mimetype application/pdf
dc.language.iso cat
dc.publisher Universitat Pompeu Fabra
dc.rights ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
dc.rights info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.title Duplicacions segmentàries a la regió cromosòmica humana 8P23.1: evolució i expansió d'una nova família gènica
dc.date.modified 2013-07-10T11:29:06Z
dc.subject.keyword NAHR
dc.subject.keyword Chromosomal rearrangements
dc.subject.keyword 8p23.1
dc.subject.keyword Defensins
dc.subject.keyword Correlation
dc.subject.keyword Gene fusion
dc.subject.keyword Gene expansion
dc.subject.keyword Mosaicism
dc.subject.keyword Inversions
dc.subject.keyword Primates
dc.subject.keyword Structural variant
dc.subject.keyword Copy number variant or CNV
dc.subject.keyword Gene family
dc.subject.keyword FAM90A
dc.subject.keyword Segmental duplicactions
dc.subject.keyword Illumina
dc.subject.keyword SNPassoc
dc.subject.keyword WGS
dc.subject.keyword Real time- PCR
dc.subject.keyword FISH
dc.subject.keyword Ka/Ks
dc.subject.keyword Polimorfisme
dc.subject.keyword Trastorn genòmic
dc.subject.keyword NAHR
dc.subject.keyword Reordenaments cromosòmics
dc.subject.keyword 8p23.1
dc.subject.keyword Defensines
dc.subject.keyword Correlació
dc.subject.keyword Fusió gènica
dc.subject.keyword Expansió gènica
dc.subject.keyword Mosaicisme
dc.subject.keyword Inversions
dc.subject.keyword Primats
dc.subject.keyword Variant estructural
dc.subject.keyword Variant en número de còpia o CNV
dc.subject.keyword Família gènica
dc.subject.keyword FAM90A
dc.subject.keyword Duplicacions segmentàries
dc.subject.keyword Genomic disorder
dc.subject.keyword Polymorphism
dc.subject.keyword Ka/Ks
dc.subject.keyword FISH
dc.subject.keyword Real time PCR
dc.subject.keyword WGS
dc.subject.keyword SNPassoc
dc.subject.keyword Illumina
dc.subject.keyword 57

See full text
http://hdl.handle.net/10803/7131

Search


Advanced Search

Browse

My Account

Statistics