Development of high-performance algorithms for a new generation of versatile molecular descriptors. The Pentacle software

Welcome to the UPF Digital Repository

Durán Alcaide, Ángel. Development of high-performance algorithms for a new generation of versatile molecular descriptors. The Pentacle software. 2010
http://hdl.handle.net/10230/12143
dc.contributor.author Durán Alcaide, Ángel
dc.contributor.other Pastor Maeso, Manuel
dc.contributor.other Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
dc.date.accessioned 2013-07-12T01:50:58Z
dc.date.available 2013-07-12T01:50:58Z
dc.date.issued 2010-03-04
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10230/12143
dc.description.abstract The work of this thesis was focused on the development of high-performance algorithms for a new generation of molecular descriptors, with many advantages with respect to its predecessors, suitable for diverse applications in the field of drug design, as well as its implementation in commercial grade scientific software (Pentacle). As a first step, we developed a new algorithm (AMANDA) for discretizing molecular interaction fields which allows extracting from them the most interesting regions in an efficient way. This algorithm was incorporated into a new generation of alignmentindependent molecular descriptors, named GRIND-2. The computing speed and efficiency of the new algorithm allow the application of these descriptors in virtual screening. In addition, we developed a new alignment-independent encoding algorithm (CLACC) producing quantitative structure-activity relationship models which have better predictive ability and are easier to interpret than those obtained with other methods.
dc.description.abstract El trabajo que se presenta en esta tesis se ha centrado en el desarrollo de algoritmos de altas prestaciones para la obtención de una nueva generación de descriptores moleculares, con numerosas ventajas con respecto a sus predecesores, adecuados para diversas aplicaciones en el área del diseño de fármacos, y en su implementación en un programa científico de calidad comercial (Pentacle). Inicialmente se desarrolló un nuevo algoritmo de discretización de campos de interacción molecular (AMANDA) que permite extraer eficientemente las regiones de máximo interés. Este algoritmo fue incorporado en una nueva generación de descriptores moleculares independientes del alineamiento, denominados GRIND-2. La rapidez y eficiencia del nuevo algoritmo permitieron aplicar estos descriptores en cribados virtuales. Por último, se puso a punto un nuevo algoritmo de codificación independiente de alineamiento (CLACC) que permite obtener modelos cuantitativos de relación estructura-actividad con mejor capacidad predictiva y mucho más fáciles de interpretar que los obtenidos con otros métodos.
dc.format.mimetype application/pdf
dc.language.iso eng
dc.publisher Universitat Pompeu Fabra
dc.rights ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
dc.rights info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.title Development of high-performance algorithms for a new generation of versatile molecular descriptors. The Pentacle software
dc.date.modified 2013-07-10T11:29:08Z
dc.subject.keyword Diseño Factorial Fraccionado (FFD)
dc.subject.keyword Partial Least Squares (PLS)
dc.subject.keyword (PCA)
dc.subject.keyword Análisis de componentes principales
dc.subject.keyword Sonda
dc.subject.keyword Consistente
dc.subject.keyword Interacciones relevantes
dc.subject.keyword Velocidad
dc.subject.keyword Interpretación
dc.subject.keyword AMANDA
dc.subject.keyword Correlation (CLACC)
dc.subject.keyword Cribado virtual Consistently Large Auto and Cross
dc.subject.keyword Relación estructura actividad
dc.subject.keyword GRIND-2
dc.subject.keyword (GRIND)
dc.subject.keyword GRID Independent Descritpors
dc.subject.keyword Descriptores moleculares (MD) Independientes de al
dc.subject.keyword Campos de interacción molecular (MIF)
dc.subject.keyword Pentacle
dc.subject.keyword Métodos computacionales
dc.subject.keyword Qt
dc.subject.keyword Lenguajes de programación
dc.subject.keyword Interfaz de usuario
dc.subject.keyword Software
dc.subject.keyword Modelos software
dc.subject.keyword Modelo espiral
dc.subject.keyword Eficiencia
dc.subject.keyword Altas prestaciones
dc.subject.keyword Codificación
dc.subject.keyword Discretización
dc.subject.keyword Algoritmo
dc.subject.keyword Based Virtual Screening (LBVS)
dc.subject.keyword Ligand
dc.subject.keyword Drug Discovery
dc.subject.keyword (CADD)
dc.subject.keyword Computer Assisted Drug Design
dc.subject.keyword Prediction
dc.subject.keyword (SDEP)
dc.subject.keyword Standard Deviation of Error
dc.subject.keyword (FFD)
dc.subject.keyword Partial Least Squares (PLS)
dc.subject.keyword Analysis (PCA)
dc.subject.keyword Principal Component
dc.subject.keyword Probe
dc.subject.keyword Consistent
dc.subject.keyword Relevant Interactions
dc.subject.keyword Speed
dc.subject.keyword Interpretation
dc.subject.keyword AMANDA
dc.subject.keyword Correlation (CLACC)
dc.subject.keyword Screening (VS)
dc.subject.keyword Consistently Large Auto and Cross
dc.subject.keyword Virtual
dc.subject.keyword Relationship (QSAR)
dc.subject.keyword Quantitative Structure-Activity
dc.subject.keyword GRID INdependent Descriptors (GRIND)
dc.subject.keyword GRIND-2
dc.subject.keyword GRID
dc.subject.keyword Alignment independent
dc.subject.keyword Molecular descriptors (MD)
dc.subject.keyword Pentacle
dc.subject.keyword Molecular Interaction Fields (MIF)
dc.subject.keyword Computational Methods
dc.subject.keyword Qt
dc.subject.keyword Programming Languages
dc.subject.keyword User Interface (UI)
dc.subject.keyword User-friendly
dc.subject.keyword Software
dc.subject.keyword Software models
dc.subject.keyword Spiral model
dc.subject.keyword Efficiency
dc.subject.keyword High-performance
dc.subject.keyword Encoding
dc.subject.keyword Discretizing
dc.subject.keyword Algorithm
dc.subject.keyword Desviación estándar del error de predicción (SDEP)
dc.subject.keyword Diseño de fármacos asistido porordenador (CADD)
dc.subject.keyword Descubrimiento de fármacos
dc.subject.keyword Cribado virtual basado en ligando (LBVS)
dc.subject.keyword 51
dc.subject.keyword 61

See full text
http://hdl.handle.net/10803/7201

Search


Advanced Search

Browse

My Account

Statistics