Electrostaticanalisys the Ras active site

Welcome to the UPF Digital Repository

Khan, Abdul Kareem. Electrostaticanalisys the Ras active site. 2009
http://hdl.handle.net/10230/12120
dc.contributor.author Khan, Abdul Kareem
dc.contributor.other Villà i Freixa, Jordi
dc.contributor.other Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
dc.date.accessioned 2013-07-12T01:50:52Z
dc.date.available 2013-07-12T01:50:52Z
dc.date.issued 2009-03-05
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10230/12120
dc.description.abstract La preorganització electrostàtica del centre actiu s'ha postulat com el mecanisme genèric de l'acció dels enzims. Així, alguns residus "estratègics" es disposarien per catalitzar reaccions interaccionant en una forma més forta amb l'estat de transició, baixant d'aquesta manera el valor de l'energia dactivació g cat. S'ha proposat que aquesta preorientació electrostática s'hauria de poder mostrar analitzant l'estabilitat electrostàtica de residus individuals en el centre actiu.Ras es una proteïna essencial de senyalització i actúa com un interruptor cel.lular. Les característiques estructurals de Ras en el seu estat actiu (ON) són diferents de les que té a l'estat inactiu (OFF). En aquesta tesi es duu a terme una anàlisi exhaustiva de l'estabilitat dels residus del centre actiu deRas en l'estat actiu i inactiu.
dc.description.abstract The electrostatic preorganization of the active site has been put forward as the general framework of action of enzymes. Thus, enzymes would position "strategic" residues in such a way to be prepared to catalyze reactions byinteracting in a stronger way with the transition state, in this way decreasing the activation energy g cat for the catalytic process. It has been proposed thatsuch electrostatic preorientation should be shown by analyzing the electrostatic stability of individual residues in the active site.Ras protein is an essential signaling molecule and functions as a switch in thecell. The structural features of the Ras protein in its active state (ON state) are different than those in its inactive state (OFF state). In this thesis, an exhaustive analysis of the stability of residues in the active and inactive Ras active site is performed.
dc.format.mimetype application/pdf
dc.language.iso eng
dc.publisher Universitat Pompeu Fabra
dc.rights ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
dc.rights info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.title Electrostaticanalisys the Ras active site
dc.date.modified 2013-07-10T11:29:05Z
dc.subject.keyword dinàmica
dc.subject.keyword centre actiu
dc.subject.keyword relacions d'estructura activitat
dc.subject.keyword preorganització
dc.subject.keyword reorganització
dc.subject.keyword estat de transició
dc.subject.keyword estat actiu
dc.subject.keyword estabilitat electrostàtica
dc.subject.keyword interacción proteïna-proteïna
dc.subject.keyword test de ranks de Wilcoxon
dc.subject.keyword P-loop
dc.subject.keyword G1 motif
dc.subject.keyword HVR
dc.subject.keyword metastability
dc.subject.keyword RMSD
dc.subject.keyword substrate assisted catalysis
dc.subject.keyword sequence alignment
dc.subject.keyword beta sheet
dc.subject.keyword helix
dc.subject.keyword Z-test
dc.subject.keyword wilcoxon rank test
dc.subject.keyword protein-protein interactions
dc.subject.keyword electrostatic stability
dc.subject.keyword active state
dc.subject.keyword dynamics
dc.subject.keyword signal transduction
dc.subject.keyword electrostatic stabilization
dc.subject.keyword ras effectors
dc.subject.keyword guanine exchange factor
dc.subject.keyword GTPase-activating proteins
dc.subject.keyword quantum mechanics/molecular
dc.subject.keyword PDLD/S-LRA
dc.subject.keyword X-ray crystallography
dc.subject.keyword solvation energy
dc.subject.keyword free energy perturbation
dc.subject.keyword statistical analysis
dc.subject.keyword GTP hydrolysis
dc.subject.keyword guanosine diphosphate
dc.subject.keyword guanosine triphosphate
dc.subject.keyword computer simulation
dc.subject.keyword thermodynamics
dc.subject.keyword protein conformation
dc.subject.keyword electrostatics
dc.subject.keyword interruptor II
dc.subject.keyword interruptor I
dc.subject.keyword llaç P
dc.subject.keyword motiu G1
dc.subject.keyword HVR (regions altament variables)
dc.subject.keyword metaestabilita
dc.subject.keyword RMSD
dc.subject.keyword catàlisi assistida pel substrat
dc.subject.keyword aliniament de seqüència
dc.subject.keyword fulla beta
dc.subject.keyword hèlix
dc.subject.keyword test Z
dc.subject.keyword transducció del senyal
dc.subject.keyword estabilització electrostàtica
dc.subject.keyword efectors de ras
dc.subject.keyword factor de bescamvi de guanina
dc.subject.keyword proteïnes activadores de l'activitat
dc.subject.keyword mecànica quàntica/mecànica
dc.subject.keyword PDLD/S-LRA
dc.subject.keyword cristalografia de raigs X
dc.subject.keyword energia de solvatació
dc.subject.keyword perturbació de l'energia lliure
dc.subject.keyword anàlisi estadística
dc.subject.keyword hidròlisi de GTP
dc.subject.keyword difosfat de guanosina
dc.subject.keyword trifosfat de guanosina
dc.subject.keyword simulació computacional
dc.subject.keyword termodinàmica
dc.subject.keyword conformació proteïca
dc.subject.keyword electrostàtica
dc.subject.keyword switch-I
dc.subject.keyword switch-II
dc.subject.keyword 537
dc.subject.keyword 576

See full text
http://hdl.handle.net/10803/7161

Search


Advanced Search

Browse

My Account

Statistics