Capture and identification of carbohydrate-binding proteins by SPR and CREDEX-MS

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Jiménez-Castells, Carmen. Capture and identification of carbohydrate-binding proteins by SPR and CREDEX-MS. 2010
http://hdl.handle.net/10230/11857
dc.contributor.author Jiménez-Castells, Carmen
dc.contributor.other Gutiérrez Gallego, Ricardo
dc.contributor.other Andreu Martínez, David
dc.contributor.other Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
dc.date.accessioned 2013-07-12T01:49:55Z
dc.date.available 2013-07-12T01:49:55Z
dc.date.issued 2010-12-20
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10230/11857
dc.description.abstract Carbohydrate-binding proteins of non-immunological origin -lectins- have been recognized over the last decades as decisive players in numerous biological processes, ranging from cellcell communication, fertilization, pathogen-cell adhesion to metastasis. Consequently, there is an increasing interest in finding powerful and nanosized tools to screen for these molecules and to study their carbohydrate interactions in detail. Here, two complementary approaches are described to characterize lectin-carbohydrate interactions with high sensitivity, low sample consumption, and without the need for sample labelling: SPR and CREDEX-MS. In SPR, we have developed an approach where the sugar is immobilized onto a sensor surface through a tailor-made peptide module that allows (1) to capture the lectin, (2) to characterize the interaction through kinetic and thermodynamic parameters, and (3) to identify the interacted protein by mass spectrometry. In CREDEX-MS, based on proteolytic excision of proteincarbohydrate complexes and mass spectrometric analysis, the peptides comforming the carbohydrate binding domain are identified.
dc.description.abstract Las lectinas (proteínas de origen no inmune capaces de reconocer azúcares) se han revelado en las últimas décadas como participantes cruciales en multitud de procesos biológicos, tales como la comunicación célula-célula, la fertilización, la adhesión del patógeno a la célula y la metástasis, entre muchos otros. Por lo tanto, existe un gran interés en el desarrollo de técnicas analíticas potentes para el estudio de las interacciones lectina-carbohidrato. En este trabajo, se describen dos aproximaciones complementarias mediante las cuales se pueden caracterizar las interacciones lectinas-azúcar con gran sensibilidad, poca utilización de muestra y sin la necesitad de ningún marcaje. En la técnica basada en resonancia de plasmón superficial (SPR), el azúcar es inmovilizado sobre una superficie a través de un módulo peptídico, lo cual permite (1) capturar la lectina, (2) caracterizar su interacción mediante parámetros cinéticos y termodinámicos y (3) identificar posteriormente la proteína mediante espectrometría de masas. Complementariamente, la técnica CREDEX-MS, basada en la excisión proteolítica del complejo proteína-azúcar y posterior análisis por espectrometría de masas, nos permite identificar los péptidos que forman parte del dominio de unión al azúcar.
dc.format.mimetype application/pdf
dc.language.iso eng
dc.publisher Universitat Pompeu Fabra
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dc.rights info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.title Capture and identification of carbohydrate-binding proteins by SPR and CREDEX-MS
dc.date.modified 2013-07-10T11:29:07Z
dc.subject.keyword glycopeptide probe
dc.subject.keyword Erythrina cristagalli agglutinin
dc.subject.keyword concanavalin A
dc.subject.keyword chemoselective ligation
dc.subject.keyword carbohydrates
dc.subject.keyword carbohydrate-lectin interactions
dc.subject.keyword aminooxyacetic acid
dc.subject.keyword tripsina
dc.subject.keyword SPR-MS
dc.subject.keyword sonda glicopeptídica
dc.subject.keyword síntesis en fase sólida
dc.subject.keyword resonancia de plasmón superficial
dc.subject.keyword proteólisis limitada
dc.subject.keyword oxima
dc.subject.keyword oligosacáridos
dc.subject.keyword N-acetyl-lactosamina
dc.subject.keyword monosacáridos
dc.subject.keyword MALDI-TOF
dc.subject.keyword lectinas vegetales
dc.subject.keyword lectina de Erythrina cristagalli
dc.subject.keyword interacción lectina-carbohidrato
dc.subject.keyword espectrometría de masas
dc.subject.keyword conjugación selectiva
dc.subject.keyword concanavalina A
dc.subject.keyword carbohidrato
dc.subject.keyword ácido siálico
dc.subject.keyword ácido aminooxiacético
dc.subject.keyword limited proteolysis
dc.subject.keyword mass spectrometry
dc.subject.keyword monosaccharides
dc.subject.keyword N-acetyl-lactosamine
dc.subject.keyword oligosaccharides
dc.subject.keyword oxime
dc.subject.keyword plant lectins
dc.subject.keyword sialic acid
dc.subject.keyword Solid Phase Peptide Synthesis
dc.subject.keyword SPR-MS
dc.subject.keyword Surface Plasmon Resonance
dc.subject.keyword trypsin
dc.subject.keyword 57

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http://hdl.handle.net/10803/7237

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